大米政策是日本農業政策中最重要的政策之一。1996年之前，日本政府通過行政手段對大米流通、日本農業政策銷售許可、日本農業政策價格形成等進行直接控制和干預(24)。據測算，當時水稻生產者收入的60%來自這類“黃箱”政策。

在WTO談判中，日本對于削弱本國農業保護的問題起初非常抵制，但考慮到國際社會和國內財政的壓力，日本不得不調整國內支持政策。自1998年開始，日本開始實施“藍箱”政策保護本國大米產業發展。近5年來，日本實施的“藍箱”政策主要是“限產計劃下對稻農的直接支付”。不過，日本農業政策日本“黃箱”轉“藍箱”不僅是考慮WTO規則，更是因為多年保護造成大米生產嚴重過剩，適當限制大米種植并沒有觸及大米保護的根本。2009—2012年，日本因債務危機大幅度削減涉農預算，然而此間日本農業政策對大米的國內支持年平均水平比2008年平均增長了50%；2012年的“藍箱”政策支持為155.2億日元，是2009年的7倍。日本大米市場在“藍箱”政策的支持下嚴重扭曲。