商業銀行在實現本行內部網絡化與電子化結算的同時，跨行結算伴隨著互聯網基礎網絡的建設和網絡通信技術的成熟，跨行結算銀行間的結算網絡也日趨完善，這為跨行結算客戶應用網絡銀行進行跨行結算提供了基礎。1998年3月18日，中國銀行的客戶通過銀行網絡完成了中國首筆網上銀行支付業務，金額為人民幣100元，跨行結算用于支付某通信公司的上網機時費用。跨行結算該筆網上銀行支付的金額雖小，但標志著商業銀行正式進入了網上銀行時代。此后，為了解決銀行間數據的互聯互通以及銀行卡信息交換，跨行結算中國銀聯于2002年獲準成立，并逐步建立了全國性的跨行結算網絡。在此跨行結算基礎上，通過協議等方式，銀聯的結算網絡已經延伸至140多個國家和地區，實現了國內商業銀行所發銀行卡的跨行、跨境、跨地區使用。

商業銀行服務的網絡化和電子化大大提升了商業銀行的用戶體驗和服務質量。通過網絡銀行，跨行結算服務突破了時間和空間限制，客戶可以在聯網的任何場所和時間享受銀行的支付結算服務，跨行結算拓寬了銀行客戶的范圍。此外，通過網絡銀行服務，大大降低了銀行的經營成本，也可以間接降低客戶的成本。網絡銀行使得銀行可以為客戶提供定制化和個性化的服務。由于跨行結算網上銀行實現了結算和賬戶管理的電子化，客戶可以便利地獲知賬戶余額、各項支出詳情，更可以通過網絡銀行購買保險、國債等金融產品。前文所說的結算便利化、跨行結算重客戶體驗、個性化定制服務，恰恰是互聯網金融重要的產品元素。資金結算系統開始依托互聯網手段，這為電子商務企業解決了資金流的便捷化問題，跨行結算更為后期的第三方支付、余額寶轉基金投資、網絡眾籌、P2P網貸等互聯網金融產品提供了資金流通解決方案和產品創新基礎。因此，商業銀行體系的互聯網化進程，跨行結算是互聯網金融得以產生的重要基礎。脫離了商業銀行的互聯網化，難以產生成熟的互聯網金融。