2007年，國家把從農村退出的向商業銀行轉制的農業銀行重新帶回農村金融市場，并對其進行股份制商業銀行改造。2009年，農業銀行由獨資商業銀行改制為股份有限公司核心內容。在農業銀行轉制過程中，農業銀行“三農金融事業部制”改革試點工作穩步推進。并農村金融改革分別于2010年和2011年新增8個和4個省份進行試點。2009年，農村金融改革《中國農業銀行三農金融事業部制改革與監管指引》文件出臺，這是農業銀行“三農金融事業部制”改革的綱領性文件。此后，《中國農業銀行股份有限公司三農金融部管理章程》《中國農業銀行三農金融事業部制改革試點實施方案》《關于擴大中國農業銀行“三農金融事業部”改革試點范圍等有關事項的通知》等規范性文件陸續出臺，農業銀行“三農金融事業部”改革工作有序推進。

為了削弱郵政儲蓄的“抽水機”功能，從2003年開始，通過利率調控等手段提高郵政儲蓄服務“三農”的能力和水平。2007年，中國郵政儲蓄銀行正式掛牌成立，農村金融改革開展小額信貸業務。2012年，《關于細化中國郵政儲蓄銀行有限責任公司股份制改革實施方案的批復》對郵政儲蓄銀行的支農服務力度提出了明確要求，有力推動了郵政儲蓄銀行服務“三農”的力度。農村金融改革為了適應農村經濟社會發展的需要，農業發展銀行改革也隨之推進，只是與其他農村金融機構相比，農業發展銀行改革的節奏較慢、速度較緩。

事實上，從2006年開始，農業發展銀行就已經著手改革，開展農業綜合開發業務就是典型的改革樣本。但業界認為，農業發展銀行正式啟動改革工作是2011年。農村金融改革特別是《中共中央關于全面深化改革若干重大問題的決定》明確提出“推進政策性金融機構改革”以來，農業發展銀行改革提上日程。2014年，農村金融改革國務院常務會議審議通過《中國農業發展銀行改革實施總體方案》，這標志著作為中國農村金融體系中最后一個改革的農業發展銀行正式進入改革的快車道。