在高新技術企業登陸主板市場的同時，專門針對科技型企業設立的創業板也初見端倪。1999年，中小企業板市場深交所向證監會呈交《深圳證券交易所關于進行成長板市場的方案研究的立項報告》。

2000年，國務院批準證監會關于設立二板的請示后，將二板市場命名為創業板市場。2000年，中小企業板市場深交所成立創業板市場發展戰略委員會、國際專家委員會兩個委員會和八個職能部門，創業板市場組織架構基本建立。2003年，黨的十六屆三中全會提出“規范和發展主板市場，中小企業板市場推進風險投資和創業板市場建設”。2004年，深交所正式推出中小企業板。中小企業板為那些暫時不符合主板上市要求的中小企業、科技型企業提供融資服務，也為風險資本提供市場退出渠道。其中小企業板市場上市門檻雖然較后來創業板市場要高，中小企業板市場阻礙了一些小規模科技型企業參與其中，但仍然是科技型企業資本市場融資的有益探索，為后來創業板市場提供了豐富經驗。