掛牌新三板能夠為企業的發展創造更大的助力以及更多的機會，新三板掛牌條件希望符合條件的中小企業都能夠參與到新三板市場當中來，不過新三板市場并不是十全十美且毫無風險的，對企業來說，掛牌新三板同樣會有一些弊端，可能會給企業帶來一些負面的、消極的影響。

  第一，登陸新三板意味著企業進入資本市場，而資本市場自有一套游戲規則，中小企業進入新三板就需要遵從這些規則，并承擔股價波動帶來的市場風險。第二，當企業掛牌新三板后就會暴露在公眾面前，來自各方的監管力度會明顯提升，面臨的社會壓力也會增加，而且掛牌企業需要承擔信息披露方面的責任。第三，掛牌后，公司新三板掛牌需要處理與原始股東的關系，還要處理好與投資者的關系，尤其是股份實現流通之后，企業的經營決策直接影響著投資者的判斷，一旦出現問題，就會影響掛牌公司的股價。第四，掛牌的成本和費用也是企業一筆不小的負擔，雖然相比主板市場而言，企業掛牌新三板的成本費用并不算高，而且還能夠得到政府的資金扶持和補貼，但是新三板掛牌余下的那些費用以及每年產生的大約20萬元左右的后續費用，對掛牌企業是一筆不小的開支。尤其是對一些經營管理不善、發展狀況不好的企業來說，更是一筆不小的財政負擔。企業掛牌新三板的風險主要體現在以下幾個方面:第一是信息披露風險。因為企業在新三板掛牌后，需要定期披露經營發展和財務信息，這些信息可能會被競爭對手掌握。第二是補繳稅款風險。如果公司在上市前存在未依法納稅事項，就新三板掛牌可能存在依法補繳稅款的風險。第三就是掛牌失敗風險。企業如果上市工作準備不充分、運作不規范，或者說中介機構的服務不專業，缺乏責任心，就可能要承受掛牌失敗的風險。