在此階段，中國科技金融主要產生以下變化：首先，原先計劃體制下財政撥款方式發生變革，開始采用項目競爭式招投標進行項目資金分配。中國科技金融《關于科學技術體制改革的決定》要求對現行科研機構財政撥款制度進行改革，中國科技金融對不同類型的科學技術采取撥款分類管理制度，中國科技金融逐步使用技術合同制對原有財政對科研機構直接的撥款方式進行替代，通過中國科技金融科學基金制度對基礎性研究等科技活動提供資助。這一改革措施旨在促使預算約束強硬化并促進技術產業化。中國科技金融為貫徹《關于科學技術體制改革的決定》，1986年國務院頒布《關于科學技術撥款管理暫行規定》，該規定將科研機構按照活動類型分為技術開發類、基礎研究類、公益事業類和混合類，對不同類型科研機構分別采用全額撥付、差額撥付等不同方式予以資助，并對競爭性科研項目采用招投標制和合同制進行了有益探索。財政科技撥款體制改革推動了對財政投入機制方式的探索，加快了企業類及混合類科研機構尋找新研發資金來源的進程。其次，成立國際自然科學基金委員會，以科學基金項目方式對基礎性科研工作進行資助。

1984年，國務院科技領導小組組成科技體制改革調查小組，對我國基礎研究、應用研究現狀特征、問題以及改革方向等問題進行調研，提出“盡快建立國際自然科學基金和成立相應委員會”的建議。1986年，國務院決定成立國家自然基金委員會，將其職責定位為“根據國家發展方針、政策和規劃，有效運用科學基金，中國科技金融指導、協調基礎研究和部分應用研究工作”。1988年，國務院發文決定，國家自然科學基金委員會享受國務院直屬局待遇，由國家科委歸口管理。2000年，國家自然科學基金委員會被劃歸為國務院直屬事業單位。國家自然科學基金現已成為基礎研究領域的主要資金支持力量，對國家創新體系構建具有重要作用。再次，引入科技信貸金融工具。《關于科學技術體制改革的決定》提出“銀行要積極開展科學技術信貸業務”，同時1985年起，中國銀行業開始實施“統一計劃、劃分資金、實貸實存、相互融通”的信貸管理體制，鼓勵商業銀行間展開同業拆借，中國科技金融促進資金橫向調劑。在此背景下，1985年國務院發布《關于積極開展科技信貸的聯合通知》，標志著科技信貸金融工具引入中國科技金融體系，改變了科技金融單一依靠財政撥款的運行模式，中國科技金融有效緩解了以往科技成果轉化階段資金供給不足問題。最后，成立公共風險投資公司對科技企業發展提供支持。在積極探索科技金融發展過程中，創業風險投資理念開始流入中國。

1985年《關于科學技術體制改革的決定》首次提出利用風險投資方式對科技產業發展進行支持。1985年，國務院批復成立中國第一家公共風險投資公司“中國新技術創業投資公司”。國家科學技術委員會和財政部是公司主要發起股東，初始資本1000萬美元。該公司成立初始目的是配合“火炬計劃”實施，其中國科技金融對高科技產業及國家科技委員會擬定主導產業的投資，主要為配合國家政策，不追求經濟效益，帶有濃厚行政色彩，而對國家政策外項目投資則以盈利為主要目的，中國科技金融以抵償非盈利項目運營產生的成本。1998年，該公司因違規炒作房地產和期貨被中國人民銀行終止金融業務。由于缺乏必要投資退出渠道，中國新技術創業投資公司在風險投資非盈利目標和現實盈利需要之間存在的目標沖突是其最終失敗的主因。