理事會是會員大會的執行機構，在會員大會閉會期間領導協會開展日常工作，對會員大會負責。理事會由會員理事和非會員理事組成。會員理事由會員單位推薦，理事會經會員大會選舉產生。非會員理事由中國證監會委派。非會員理事不超過理事總數的1/5。理事任期4年，可連選連任。理事會協會因特殊情況需提前或延期換屆的，須由理事會表決通過，報中國證監會審查并經民政部批準同意，但延期換屆最長不超過1年。

理事會的職權有：①籌備召開會員大會，向會員大會報告工作和財務情況；② 貫徹、執行會員大會的決議；③審議通過自律規則、行業標準和業務規范；④選舉或罷免協會會長、副會長，聘任秘書長；⑤在會員大會閉會期間，罷免不履職理事；⑥決定專業委員會的設立、注銷和更名；⑦聘任咨詢委員會和各專業委員會主任委員、副主任委員；⑧ 理事會提請召開臨時會員大會；⑨審議協會年度工作報告和工作計劃；⑩ 審議協會年度財務預算和決算；⑪審議會長辦公會提請審議的各項議案；⑫決定其他應由理事會審議的重大事項。理事會理事會每年至少召開一次會議。遇特殊情況，也可采取通訊方式召開。常務理事會認為有必要或1/3以上理事聯名提議時，可召開理事會臨時會議。理事會會議須有2/3以上理事出席，理事會其決議須經到會理事2/3以上表決通過。監事、監事長列席理事會會議。