為降低發行成本和增加可投資者群體，有些城投債的發行采取擔保的方式。關聯企業互保由于監管機構已明令禁止銀行為企業債發行擔保，近年來城投類企業債的擔保方式改為主要采用第三方提供不可撤銷連帶責任擔保，以及發行人以自有資產作為抵押或者質押進行的擔保。企業互保就第三方擔保而言，目前城投債的發債主體和擔保第三方的關系中，企業互保存在著發行人與擔保方互保的現象，如08渝交通債和09渝水投債互保、08甬交投債和09甬城投債互保等。互保可能引起的系統性風險受到了社會的廣泛關注。

在當前的債券市場環境下，債券發行人尋求擔保時，往往首先尋求與公司往來較為密切，或同樣有發債需求，且資質相近的公司提供擔保，擔保方和被擔保方往往在同一區域或同一行業內，企業互保或受同一控制人控制，他們所承擔的風險相近，互保風險分散的效果不明顯，但卻形成了復雜的連環擔保的債權債務關系，一旦其中一個環節出現問題，企業互保可能導致鏈條中所有的經濟實體受到牽連，如大規模推廣可能造成整個經濟體系的系統風險。因此，城投公司發債應避免采取互保的方式，企業互保盡可能采取以專業的擔保機構為主的市場化信用增級方式。目前互保方式已被禁止使用。