1993年黨的十四屆三中全會通過了《中共中央關于建立社會主義市場經濟體制若干問題的決定》，要求進一步深化財稅體制改革，并明確規定：“分稅制把先行地方財政包干制度改為合理規劃中央和地方事權的基礎上的分稅制，建立中央稅收和地方稅收體系。”根據這一精神，1993年12月15日，國務院發布了《關于實行分稅制財政管理體制的決定》（國發〔1993〕85號），決定從1994年1月1日起改革地方財政包干體制，對各省、自治區、直轄市以及計劃單列市實行分稅制財政管理體制。《中華人民共和國預算法》（中華人民共和國主席令〔1994〕第21號）自1995年1月1日起實施。1995年11月22日制定了《預算法實施條例》（中華人民共和國國務院令〔1995〕第186號），規定：中央和地方實行分稅制，一級政府實行一級預算，整個國家實行五級預算，即中央、省、地、縣和鄉鎮。

這次分稅制改革的一個重要內容就是，中央政府和地方政府事權和支出的劃分。中央財政主要承擔國家安全、外交和中央國家機關運轉所需經費，調整國民經濟結構、協調地區發展、實施宏觀調控所必需的支出，以及由中央直接管理的事業發展支出。地方財政主要承擔本地區政府機關運轉所需支出，以及本地區經濟和事業發展所需支出，具體包括：地方行政管理費用、公檢法支出、部分武警經費、民兵事業費、地方統籌的基本建設投資、地方企業的技術改造和新產品試制費、支農支出、城市維護和建設費用、地方文化、教育和衛生等各項事業費、分稅制價格補貼支出以及其他支出等。

總之，這次財稅體制改革主要是針對包干體制的弊端而提出來的，是新中國成立以來改革力度最大、范圍最廣、影響最深遠的一次財稅制度創新，是中國財政管理體制的一次重大調整。從分稅制制度層面來看，1994年財稅改革初步建立起分稅制的財政體制。從實踐來看，此次重大改革措施的基本導向是建立與社會主義市場體制內在要求相適應的財政管理體制，并且在分稅制近年來的運行過程中顯示出較為良好的效果，比如基本確立了分級財政管理體制的總體框架；確定了中央財政的主導地位；促進了資源優化配置和產業結構調整；促進了財政資金供給范圍合理調整和財政支出結構優化；中央政府對地方政府間的轉移支付制度改革初見成效等諸多方面。

雖然這次分稅制改革取得了較為明顯的成就，中央財政收入得到了很大的提高。但與此同時，地方財政占全國總財政收入的比例卻在不斷下降，2009年地方財政收入所占比例只有47.6%。同時，地方政府財政支出呈現明顯上升的趨勢，且1998年以來地方支出增長速度明顯高于地方收入增長速度，分稅制地方財政收支缺口不斷擴大。2008年地方財政支出占全國財政支出總額的79.9%。也就是說，地方政府用47.6%的財政收入支撐了79.9%的財政支出，財政收支嚴重失衡，分稅制導致了地方財政狀況不斷惡化，這就使得地方政府一方面依靠中央轉移支付獲得資金來源，另一方面不斷通過其他途徑，比如借款、土地融資以及通過設立城投公司在資本市場融資等獲得資金，導分稅制致了地方政府債務管理的無序化。