交易系統是一整套交易計劃、策略、方法。人工手動完全可以執行。如果把交易系統編成程序代碼，通過股票交易系統電腦來執行，那么就是程序化交易。股票交易系統程序化交易是以系統交易為前提的。但并不是說交易系統一定要由電腦來自動執行。電腦可以代替人重復執行交易系統，股票交易系統電腦是比人工更有效率的執行方法而已。交易系統的程序化是系統化交易中的更高階段。一般是比較專業的交易者或投資機構會用到程序化交易。

比如，期貨中有一些短線交易系統可以非常頻繁地以每秒幾次的頻率發出交易指令，這個速度就不是人腦和人工所能企及的了。但對于普通交易者來說，有些中長線交易系統可能會相隔很久才會發出交易信號，這就不一定需要自動交易了。使用電腦確實可以極大地改善交易系統運行效率，可以及時地將系統制作者的思想體現出來。而且，將交易系統放到電腦上，由電腦給出各個信號，這樣的信號更加客觀，可以促使交易者更好地執行交易系統，避免人為情緒的波動對投資產生影響。在股票交易系統交易系統建立好了以后，有能力的交易者可以嘗試交易系統的程序化。